由于前列腺脂质薄膜的屏障作用，大多数抗菌药物难以进入前列腺内达到有效的抑菌浓度，只有脂溶性高的碱性药物；与血浆蛋白结合少，离解度高的药物；对前列腺脂膜弥散性好的药物才能发挥较好的疗效。
符合这些条件的药物有磺胺增效剂、复方新诺明（内含磺胺增效剂）、红霉素、林可霉素、利福平、诺氟沙星（氟哌酸）等。此外，氧氟沙星、米诺环素（美满环素）、泰利特等药物疗效更佳。有些从理论上讲很好的药物，实际上药物疗效并不满意。比如，有人报道一组用磺胺增效剂或复方新诺明持续 12 周治疗的慢性前列腺炎患者，仅仅 1/3 获得治愈。
研究原因是前列腺患者局部的酸碱度发生变化影响了药物的进入和治疗作用。因此，无论是吃药、打针，还是静脉滴入或者塞肛用药，治疗效果均不理想。可见，临床选择抗生素必须综合考虑，结合前列腺液细菌培养和药敏试验的结果决定用药种类，并根据临床效果加以调整。
目前医生较常用采取的方案有：
（ 1 ）利福平与磺胺增效剂联合治疗，利福平 3 ～ 4 片（ 450 ～ 600mg ），磺胺增效剂 2 片（ 200mg ），每日 1 次，口服。用药 15 天后改用利福平 2 片（ 300mg ），磺胺增效剂 1 片（ 100mg ），用药 105 天，标准疗程 4 个月。其缺点为利福平有肝毒性作用，而且用药时间长，患者多难以坚持到底。采取此方案治疗的患者，应定期复查肝功能。
（ 2 ）红霉素 2 片（ 0.25g ）， 4/ 日，或者四环素 2 片（ 0.5g ）， 4/ 日，连服 15 天；或者服用阿奇霉素，每天服用 1 次即可。优点为对支原体也有效。
（ 3 ）氧氟沙星 2 片（ 0.2g ）， 3/ 日，或者环丙沙星 2 片（ 0.5g ）， 2/ 日，连服 15 天。
（ 4 ）米诺环素（美满霉素） 2 片（ 0.1g ）， 2/ 日，或者泰利特 1 片（ 0.25g ）， 2/ 日，连服 15 天。
（ 5 ）另外，在口服定量抗生素的前提下，加服保泰松或皮质激素有加强抗生素对前列腺通透的作用，可以在医生指导下应用。
